通風柜的排風系統可分為集中式和分散式兩種。集中式是把一層樓面或幾層樓面的的通風柜組成一個系統，或者整個實驗樓分成一二個系統。它的特點是通風機少，設備投資小，而且對通風柜的數量稍有增減，以及位置的變更，都具有一定的適應性。然而由于系統較大，風量不易平衡，盡管每個通風柜上都裝有調節閥，但使用不方便，并且也不容易達到預定的效果。如果系統風管損壞需要檢修時，那么整個系統的通風柜就無法使用。所以，原來采用集中式系統的實驗室，先后都改為用分散式系統。分散式是把一個通風柜或同房間的幾個通風柜組成一個排風系統。他的特點是：可根據通風柜的工作需要來啟閉通風機，相互不受干擾，容易達到預定的效果，而且比集中式節省能源，因為集中式系統，只要一個通風柜在使用，就得開動大通風機。分散式由于系統小，排風量也小，阻力也小，所以通風機的風量、風壓都不大，躁聲與振動相應也較小。分散式還有一個特點，是對排出不同性質的有害氣體易于處理。缺點是通風機的數量多、系統多，如果通風機集中于通風機房內，那么投資就會增大，如果通風機分散布置，而且就地安裝，雖然通風機的投資增加，但風管的投資可節省，后總投資不一定增大。建議使用分散式。
在劃分系統時，同一個房間內如有兩個以上的通風柜，應劃為一個系統，避免一個通風柜在使用，其他的通風柜產生倒流，使室內受到污染。同樣，一個房間內除了一個排風系統外，不宜再裝置其他排風通風設備。
排風系統的通風機，一般都裝在屋頂上，或頂層的通風機房內，這樣可不占用使用面積，而且使室內的排風管道處于負壓狀態，以免有害物質由于管道的腐蝕或損壞，以及由于管道不嚴密而滲入室內，此外，通風機安裝在屋頂上或頂層的通風機房內，檢修方便，易于消聲或減振。
排風系統有害物質排放高度應按現行的《工業企業設計衛生標準》和《工業三廢排放標準》執行。在一般情況下，如果附近五十米以內沒有較高建筑物時，排放高度應超過建筑物處兩米以上。