1.共同所有：聯合開發的知識產權由雙方共享。這種分配方式需要在約定中明確使用的范圍、收益分配的比例、、出現糾紛時雙方如何承擔責任、是否可以將知識產權授權給第三方使用、如果授權給第三方收益又如何分配等等；共同所有的方式可能會出現意見分歧，不利于決策。
2.按貢獻程度分配所有權：雙方負責不同的技術模塊，各自負責的部分歸自己單獨所有；接口部分共同所有。這種分配方式需要在協議中明確界定技術模塊的邊界，避免權屬模糊。
3.一方主導所有權，一方獲得許可：一方持有全部知識產權，但另一方獲得免費或付費的許可使用權。這種分配方式權屬清晰，商業化效率高。
4.第三方托管：將聯合開發的知識產權放入雙方合資的公司或中立的第三方平臺管理，雙方按股權或書面協議行使權利。
聯合開發中知識產權的分配問題處理不當很容易引發糾紛，建議聘請專業知識產權律師起草協議，明確細節和條款。