對申請人的作用：有助于其順利參與各類經濟活動。在許多交易中，對方可能要求提供擔保以降低風險，申請人通過提供保函，可以滿足對方的要求，增強自身在交易中的信用度，從而更容易獲得合同、訂單等商業機會。
與抵押、質押的區別：抵押和質押是物的擔保，需要以特定的財產作為擔保物；而保函是一種信用擔保，不需要提供具體的實物資產作為擔保，而是憑借擔保人的信用來承擔擔保責任。在實現擔保權益的方式上，抵押和質押需要通過對擔保物進行處置來實現債權，而保函則是由擔保人直接向受益人支付款項來履行擔保義務。
項目進度調整：若項目提前或推遲完成，預付款的返還或抵扣時間也會相應變化，此時可協商調整保函期限。如項目提前完工，預付款提前抵扣完畢，可協商提前終止保函期限。
從風險保障角度看
預付款保函的核心作用是保障預付款的，確保在申請人未能按照合同約定使用預付款或履行相應義務時，受益人能夠得到補償。即使預付款已經使用完畢，但在項目執行過程中可能還存在其他與預付款相關的潛在風險，如因申請人原因導致項目中途停滯、質量不達標等情況，可能需要用預付款進行彌補或扣除相應款項，所以保函期限超過預付款使用期限能為受益人提供更的風險保障。
