保函條款方面
格式不符：招標文件對保函格式有嚴格要求，但銀行提供的格式與之不完全匹配，如索賠方式、期限等條款的表述不同，可能導致投標無效或引發其他問題。
條款不清：保函中的某些條款表述含糊，容易引發誤解或爭議，如保證方式、保證范圍、索賠條件等約定不明確，可能在后期出現糾紛時，無法確定各方的權利和義務。
費用方面
費用過高：企業對銀行收取的保函費用有疑問，覺得費用過高或者收費標準不透明，不同銀行的收費標準差異較大，企業可能不清楚費用是如何計算的，增加了財務成本。
費用爭議：在保函辦理過程中，可能會出現一些額外費用，如加急費、修改費等，企業事先未了解清楚，導致與銀行產生費用爭議。
小金額保函：對于金額在 10 萬元以下的小額保函，銀行可能會按固定金額收費，一般在 300 元 - 1000 元左右。如工商銀行投標保函手續費 100 元，履約保函和預付款保函手續費 300 元。
大金額保函：通常按保函金額的一定比例收取，比例范圍大概在 0.5%-2%。例如保函金額為 100 萬元，按 1% 的比例計算，費用就是 1 萬元。當保函金額超過一定范圍后，收費比例可能會有所下降。
合理安排申請時機與保函條款
把握銀行沖量節點：銀行在季度末、年末等時間節點可能有業務沖量需求，此時申請保函，銀行可能為完成指標而給予一定費率優惠。
優化保函條款：在不影響項目需求和合作方要求的前提下，盡量縮短保函期限、降低保函金額。期限越短、金額越小，銀行收費通常越低。同時，選擇風險相對較低的保函類型，如能用投標保函解決問題，就不用履約保函。