對申請人的作用：有助于其順利參與各類經濟活動。在許多交易中，對方可能要求提供擔保以降低風險，申請人通過提供保函，可以滿足對方的要求，增強自身在交易中的信用度，從而更容易獲得合同、訂單等商業機會。
與保證的區別：保證通常是一種人的擔保，主要依賴保證人的信用和償債能力；而保函除了人的擔保外，還往往與銀行等金融機構的信用和資金實力相關，具有更強的可靠性和獨立性。在法律關系上，保證一般是從屬于主債權債務關系的從合同，而保函在一定程度上具有獨立性，即使基礎交易出現問題，只要保函的索賠條件成就，受益人通常仍有權向擔保人索賠。
合同約定：預付款保函是為保障基礎交易合同中預付款的而設立的，合同雙方可根據交易的具體安排和需求，在合同中約定預付款保函的期限。比如在大型設備采購合同中，雙方可根據設備生產周期、運輸時間等因素，協商確定預付款保函的期限。
從合同履行角度看
預付款使用期限只是預付款在合同中規定的用于特定事項的時間范圍，但合同的履行可能存在后續的驗收、質保等多個階段。例如在工程建設項目中，預付款可能在工程前期用于施工準備等工作，但工程竣工后還有驗收環節，如果發現質量問題需要整改，而申請人拒絕承擔責任，此時受益人可能需要動用預付款保函來保障自身權益，這種情況下預付款保函期限超過預付款使用期限是合理且必要的，以確保合同的履行。
