黃曉軍教授長期聚焦白血病等其他惡性血液疾病的前沿研究和臨床，創建骨髓移植中國科學新方案—“北京方案”，解決了“供者來源匱乏”這一世界性醫學難題，使親屬成為移植供者的概率由不足25%上升至接近；顯著提高了患者生存，使半相合移植白血病的3年生存率從約20%升至70%左右。北京方案改變了世界半相合移植“不可逾越”的傳統觀念，使半相合移植成為白血病一線方案，促進了全球白血病和骨髓移植學科的在近20年的長足進步。
黃曉軍教授主持國家863計劃、國家杰出青年基金、國家自然基金重點項目等國家項目，在白血病等惡性血液病的、診斷等方面進行了系統性和開創性工作，以或通訊作者身份在新英格蘭醫學雜志（New Eng J Med，2篇）、臨床腫瘤學（J Clin Oncol，1篇）、血液學（Blood，6篇）、白血?。↙eukemia，5篇）等國際期刊發表SCI論文190篇，主編專著20部。牽頭制定多項中國及亞太血液病指南/標準并推廣普及，主持我國高水平多中心臨床研究，領導建設中國造血干細胞移植登記數據庫、慢性髓性白血病聯盟，促進我國血液病診治的規范化及人才建設。
造血干細胞移植是白血病的有效方式,供者來源缺乏是一世界性難題，北京大學人民醫院黃曉軍團隊在自創的粒細胞集落刺激因子誘導免疫耐受的基礎上，對單倍體移植技術的多個方面進行了創新與改進，形成國際公認的原創非體外去T單倍體造血干細胞移植體系——“北京方案”；“北京方案”白血病取得與同胞全合一致的療效。２０１６年，該方案被世界骨髓移植協會推薦作為全球缺乏全相合供體的移植可靠方案；該方案還被寫入國際骨髓移植教材，并被美國、英國等國骨髓移植相關指南引用。
北京大學人民醫院血液科黃曉軍專家門診在線預約
【社會任職】
《中國實用內科雜志》副主編
《中國學雜志》副主編
《中華醫學雜志英文版》編委
《中華醫學雜志》編委
《中國醫學論壇》報血液腫瘤專刊副主編
《國際輸血及血液學雜志》編委
《中國實驗血液學雜志》副主編
血液學分會常務委員
北京醫師專家委員
北京市血液腫瘤專業委員