黃曉軍教授長期聚焦白血病等其他惡性血液疾病的前沿研究和臨床，創建骨髓移植中國科學新方案—“北京方案”，解決了“供者來源匱乏”這一世界性醫學難題，使親屬成為移植供者的概率由不足25%上升至接近；顯著提高了患者生存，使半相合移植白血病的3年生存率從約20%升至70%左右。北京方案改變了世界半相合移植“不可逾越”的傳統觀念，使半相合移植成為白血病一線方案，促進了全球白血病和骨髓移植學科的在近20年的長足進步。
“北京方案”改變了全球造血干細胞移植的格局，近3年已成為我國來源類型的移植方式，也促進了歐美單倍體移植的快速發展，使造血干細胞移植進入“人人都有供者”的新時代. 主要貢獻如下： （1） 發展完善了國際原創的單倍體移植體系：突破免疫屏障，使造血干細胞移植這種白血病方法不再限于“配型相合”，“父母供子女，子女供父母”等“單倍體移植”模式取得與全合移植相同療效。此體系的發展與應用成功解決了“供者匱乏”這一困擾全世界的關鍵臨床問題，迎來了“人人都有移植供者”新時代。 （2）移植合并癥防治：建立了以分層乃至個體化為特色的移植后白血病復發及移植物抗宿主病新型防治體系，臨床上實現了抗白血病效應和移植物抗宿主作用分離，提高了患者生存。 （3）白血病分層與靶向：國際上首次證實口服砷劑可替代靜脈砷劑急性早幼粒細胞白血病（APL），在此基礎上證實非高危APL患者口服砷劑聯合維甲酸即可獲長期生存，首次實現了不輸液、不化
黃曉軍醫生擅長
血液系統疾病，造血干細胞移植（HSCT）后的移植物抗宿主病（GVHD）、感染和復發等各種移植合并癥的診斷和處理
2007年擔任國家杰出青年科學基金項目負責人，創新團隊帶頭人。負責承擔國家自然科學基金國家“863”基金、“985”基金、北京大學211基金、衛生部基金、教育部博士點和“新世紀人才”等多項基金。發表論文100多篇，綜述10多篇，專著10部。1996年被評為碩士研究生導師，1999年獲北京市醫務工作者，2003年獲北京市五、四青年稱號，被評為博士生導師。2005年被評為教育部“新世紀人才”。在2006年獲中華醫學科技獎二等獎，2008年衛生部吳楊獎獲得者，2008年中國醫師獎獲得者。