令狐恩強率先定名完善消化內鏡隧道技術，模糊了消化內外科的界限，替代了一批傳統外科手術；率先提出基于保持人體解剖結構不變條件下，達到祛除疾病目的的超級微創手術新概念，替代長期存在以切除器官為代價的手術模式，為未來手術方法學與器械研發指明了方向。
令狐恩強為中國逆行胰膽管造影（ERCP）規范的出臺做出了積極的貢獻，為中國消化道早癌的內鏡下技術的完善與普及做了大量工作，為中國的內鏡下早癌切除躋身世界先進行列做出了積極的貢獻。
北京301醫院消化科令狐恩強擅長消化內鏡的診斷與治 療:除常規的胃腸鏡診斷與治 療外,在以下方面具有豐富的內鏡診治經驗:(1)食管良性狹窄、食管癌:(2)食管胃底靜脈曲張的硬化劑、套扎器、組織膠注射治 療;(3)內鏡下胰膽管疾病的診治:膽管結石、膽管癌、胰腺癌、胰腺炎、內鏡下胰膽管腔內超聲、經皮經肝穿刺與內鏡下對接治 療惡性膽管狹窄、十二指腸乳頭腫瘤內鏡下切除術等胰膽管疾病的內鏡下診治:(4)賁門折疊術治 療胃食管反流病。
令狐恩強說，在2010年前后，我國提出消化內鏡診治新模式的概念，來踐行早診早治的理念。一方面是把檢查切入點從有癥狀期提前到無癥狀期，另一方面則是形成以消化內鏡治 療為主，外科手術切除為輔，放化療為補充的一套全新的治 療概念。該理念保證了患者能在早期就能被發現，并進行有效的內鏡下治 療，具有良好的社會意義和經濟效益。
