北京301醫院先后被評為“國際模范愛嬰醫院”、“全國百佳醫院”、“全國百姓放心醫院”、“全國百姓放心示范醫院”、“全軍為部隊服務先進醫院”，榮獲全國衛生系統“文化建設創新獎”、國家衛生部授予“醫院改革創新獎”。
令狐恩強率先定名完善消化內鏡隧道技術，模糊了消化內外科的界限，替代了一批傳統外科手術；率先提出基于保持人體解剖結構不變條件下，達到祛除疾病目的的超級微創手術新概念，替代長期存在以切除器官為代價的手術模式，為未來手術方法學與器械研發指明了方向。
令狐恩強從事消化病及消化內鏡研究、臨床、教學及保健工作，緊貼臨床一線進行技術與理論創新。他提出的疾病分類、分型，被多個學會采納寫入指南。他定名和完善的消化內鏡隧道技術，打破了傳統內科和外科的界限，將一些原本由外科手術治 療的疾病轉為內窺鏡下，且創傷極小、術后恢復快、費用低、療效顯著；他在消化管道深部臟器損傷治 療方面處于世界領 先水平。
令狐恩強為中國逆行胰膽管造影（ERCP）規范的出臺做出了積極的貢獻，為中國消化道早癌的內鏡下技術的完善與普及做了大量工作，為中國的內鏡下早癌切除躋身世界先進行列做出了積極的貢獻。
