保函的有效期通常從開立之日起到工程合同預計竣工日期延長3個月為止。如果工程未按時完工，申請人在保函到期前需要辦理延期手續。當工程項目出現拖欠農民工工資的情況時，由人社部門和行業主管部門共同出具書面通知，啟動保函賠付程序。金融機構需要在收到通知后的3個工作日內劃撥資金至指定的賬戶，用于支付拖欠的工資。
商業保函指的是，除了銀行以外，由其他商業機構出具的保函，一般出具保函的公司都是專業的擔保機構或商業機構的信用擔保。商業保函也是包括了很多種的，比如預付款保、農民工工資支付保函、質量保函、投標保函、履約保函等，這些都是屬于商業保函。
預付款保函（advance payment guarantee）承包人要求銀行向業主(發包人) 出具的保證業主所支付的工程預付款用于實施項目的一種信用函件。擔保銀行應為業主所接受。如承包人不履約，業主可憑保函向擔保銀行索賠。
適用于所有公開招標、議標時，業主要求投標人繳納投標保證金的情況。 招標人為避免投標人在評標過程中改標、撤標，或中標后拒簽合同而給自身造成損失，通常都要求投標人繳納投標保證金，以制約對方行為。投標保函是現金保證金的一種良好的替代形式。