一般情況下，高新技術企業認定申報的流程如下：
1、自我評價
企業根據《認定辦法》和《工作指引》進行自我評價，初步判斷是否達到認定條件的要求。
2、注冊登記
企業登錄"高新技術企業認定管理工作網"，按要求填寫《企業注冊登記表》，并通過網絡系統提交至認定機構。認定機構核對企業注冊信息，在網絡系統上確認后，企業可以開展后續申報工作。
3、材料提交
企業登錄"高新技術企業認定管理工作網"，按要求填寫《高新技術企業認定申請書》 ，通過網絡系統提交至認定機構，并向認定機構提交書面材料。
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4、組織審查
認定機構收到企業申報材料后，從專家庫中抽取至少5名評審專家(其中技術專家不少于60%，并至少有1名財務專家) 組成專家組。
5、認定報備
認定機構根據專家組評審意見，對申請企業申報材料進行綜合評審(可視情況對部分企業進行實地核查)，提出認定企業名單，報領導小組備案，報送時間不得晚于每年11月底。
6、公示
經認定報備的企業名單，由領導小組辦公室在"高新技術企業認定管理工作網"公示10個工作日。有異議的，須以書面形式實名向領導小組辦公室提出，由認定機構核實處理;領導小組辦公室可對報備企業進行隨機抽查，對存在問題的企業交由認定機構核實情況，提出處理建議。