預付款保函除在國際工程承包項目中使用外，也適用于貨物進出口、勞務合作和技術貿易等業務。例如，在成套設備及大型交通工具的合同中，通常采用帶有預付性質的分期付款或延期付款支付部分價款。在這種交易中，進口人在簽訂合同后，向出口人開立履約保證書，由銀行保證進口人按合同規定按期支付價款，同時，出口人也向對方開立還款保證書。如出口人不能按期交貨，銀行保證及時償還進口人已付款項的本金及所產生的利息。
預付款保函的另一個風險是保函的生效時間先于承包商收到的預付款，承包商在不知情的前提下，業主已經沒收預付款保函而承包商未收到預付款。
還有一種可能的風險，就是預付款已經扣還完畢，而預付款保函沒有及時撤銷，讓業主有機可乘，留下沒收保函之機。
在保函中，出具保函的銀行承諾的內容是重要的，該銀行的承諾必須是“無條件的”和“不可撤消的”。“無條件的”即意味著當買方僅憑保函書面稱賣方未履行其交貨義務，要求出具保函銀行按保函金額付款時，買方無需提供其他任何證明，也不管實際原因如何，該銀行必須立即無條件地支付保函金額。“不可撤消的”是指保函在開立后，在規定的有效期內是不能撤消的。
買方無時間辦理索償手續。對失效地點在賣方所在地的保函，當買方獲知賣方未能在遲裝船期內履行交貨義務，此時保函時效也已到，由于地理位置的差異，買方已沒有時間辦理有關索償手續。所以我們應要求保函有效期至合同遲裝船期后幾個工作日較妥。我們之所以強調是“工作日”主要考慮遇到節假日的情況。