預付款保函有效期銀行長一般提供24個月擔保時間，如果繼續要提供履約保函，要再行申請，而且銀行方面也會向接受履約保函方提出到期的公函。承包商履約擔保的有效期是在合同中約定的。合同約定的有效截止時間一般為工程建設合同約定的工程竣工驗收合格之日后30天至180天。
預付款保函的另一個風險是保函的生效時間先于承包商收到的預付款，承包商在不知情的前提下，業主已經沒收預付款保函而承包商未收到預付款。
還有一種可能的風險，就是預付款已經扣還完畢，而預付款保函沒有及時撤銷，讓業主有機可乘，留下沒收保函之機。
工程招投標后為了使交易時更加放心有保障，都會要求對方開具一份預付款保函，這樣既可避免交易中爽約的損失，在任何銀行開具預付款保函的企業，首先是銀行的開戶會員，然后都必須是合法的企業有相關的營業執照等合法文件、有足夠的業務資質等等，然后就可以在銀行申請預付款保函，審核通過后就可以開出了。
在保函中，出具保函的銀行承諾的內容是重要的，該銀行的承諾必須是“無條件的”和“不可撤消的”。“無條件的”即意味著當買方僅憑保函書面稱賣方未履行其交貨義務，要求出具保函銀行按保函金額付款時，買方無需提供其他任何證明，也不管實際原因如何，該銀行必須立即無條件地支付保函金額。“不可撤消的”是指保函在開立后，在規定的有效期內是不能撤消的。