茅臺酒的酒窖建設也頗有講究。從窖址選地、窖區走向、空間高度，到窖內溫濕度控制、透氣性能，以及酒甕的形式、容量、甕口泥封的技術等，都極為嚴格。這些都是關系到成品酒的再熟化、香氣純度再提高的關鍵。酒窖里每天要有人檢查，開關透氣孔，控制溫濕度。
茅臺酒以本地優質糯高梁為原料，用小麥制成高溫曲，而用曲量多于原料。用曲多，發酵期長，多次發酵，多次取酒等獨特工藝，這是茅臺酒風格獨特、品質優異的重要原因。釀制茅臺酒要經過兩次下料、九次蒸煮、八次攤晾加曲（發酵七次）、七次取酒，生產周期長達一年，再陳貯三年以上，勾兌調配，然后再貯存一年，使酒質更加和諧醇香，綿軟柔和，方準裝瓶出廠，全部生產過程近五年之久。
三高是指飛天茅臺酒生產工藝的高溫制曲、高溫堆積發酵、高溫餾酒。飛天茅臺酒大曲在發酵過程中溫度高達63℃，比其他任何名白酒的制曲發酵溫度都高10-15℃；在整個大曲發酵過程中可優選環境微生物種類，后形成以耐高溫產香的微生物體系，在制曲過程中首先做到了趨利避害之功效。
高溫堆積發酵是中國白酒生產敞開式發酵為經典和獨創之作，也是其他名白酒工藝所不具有的。飛天茅臺酒高溫堆積發酵是飛天茅臺酒網絡利用自然微生物，進行自然發酵生香的過程，也是形成飛天茅臺酒
主要香味物質的過程，其堆積發酵溫度高達53℃。通過高溫堆積發酵，形成飛天茅臺酒特殊芳香物，也通過微生物細胞蛋白產生氨基酸等營養物質。
高溫餾酒：蒸餾工藝本身是固液分離的技術，但飛天茅臺酒生產工藝的蒸餾與其他白酒完全不同。飛天茅臺酒的蒸餾餾酒溫度高達40℃以上，比其他白酒高10-20℃，主要目的一是分離飛天茅臺酒經發酵的有效成份；二是去除發酵過程中的副產物或不利物質或低沸點物質，是飛天茅臺酒飲用不口干、不上頭的一個重要原因。
飛天茅臺酒工藝的季節性生產指飛天茅臺酒生產工藝季節性很強。飛天茅臺酒生產投料要求按照農歷九月重陽節期進行，這完全不同于其他白酒隨時投料隨時生產的特點。采用九月重陽投料一是按照高粱的收割季節；二是順應茅臺當地氣候特點；三是避開高營養高溫生產時節，便于人工控制發酵過程，培養有利微生物體系，選擇性利用自然微生物；四是九月重陽是中國的老人節，象征天長地久，體現中華民族傳統文化。