再說各功能間的布置，空間應充足，便于操作，單位操作應充分考慮設備操作范圍、物料流轉、人員操作的便利性及必要的暫存區域。尤其是在房間內有多臺設備時，各操作應互相不受影響。對于一些大型設備房間還應考慮樓板承重的問題。
一次性系統的應用，生產中如使用一次性反應袋、儲液袋等產品，這些產品的使用減小了設備間的占地面積，增加了空間利用率，減小了曝露的機會，同時也減少了清潔操作，更加有利于交叉污染的控制，沒有了清潔操作就間接增加了生產時間，房間利用率增加了減少了清潔驗證的負擔。
醫藥潔凈生產廠房的設計、施工、各配套技術系統的設計搭建、潔凈家具和設備的安裝，生產用原輔物料、包裝材料質量、人凈物凈設施控制程序執行不利等都會影響產品質量
①溫度和濕度
根據藥品生產要求，并保證藥品的生產環境和操作人員的舒適感。A級和B級潔凈區
溫度20～24C，相對濕度45%～60%。有的工藝和產品有特殊要求，如粉劑產品有吸濕性，CEIDI西遞降低相對濕度控制值；生物制品的質量受溫度影響較大，對溫度實施嚴格限定。