認定標準不同
高新技術企業認定后，在地方稅務局備案后，企業所得稅由原來的25%降低為15%。企業必須每年在國家稅務局做高新技術企業備案，通過后，才可以享有到政策優惠。軟件企業認定，在國家稅務局備案后，自獲利年度起，第1年和第2年免征企業所得稅，第2年至第5年減半征收企業所得稅。享有完5年優惠后，不會再享有任何企業所得稅政策優惠(包含高新企業政策優惠)，企業所得稅按照25%征收。
軟件企業的認定標準
1、在我國境內依法設立的企業法人；
2、以計算機軟件開發生產、系統集成、應用服務和其他相應技術服務為其經營業務和主要經營收入；
3、具有一種以上由本企業開發或由本企業擁有知識產權的軟件產品，或者提供通過資質等級認定的計算機信息系統集成等技術服務；
4、從事軟件產品開發和技術服務的技術人員占企業職工總數的比例不低于50％；
5、具有從事軟件開發和相應技術服務等業務所需的技術裝備和經營場所；
6、具有軟件產品質量和技術服務質量保證的手段與能力；
7、軟件技術及產品的研究開發經費占企業年軟件收入8％以上；
8、年軟件銷售收入占企業年總收入的35％以上，其中，自產軟件收入占軟件銷售收入的50％以上；
9、企業產權明晰，管理規范，遵紀守法。
高新認定標準不同
1、企業申請認定時須注冊成立一年以上；
2、企業通過自主研發、受讓、受贈、并購等方式，獲得對其主要產品（服務）在技術上發揮核心支持作用的知識產權的所有權；
3、對企業主要產品（服務）發揮核心支持作用的技術屬于《國家重點支持的高新技術領域》規定的范圍；
4、企業從事研發和相關技術創新活動的科技人員占企業當年職工總數的比例不低于10%；
5、企業近三個會計年度（實際經營期不滿三年的按實際經營時間計算，下同）的研究開發費用總額占同期銷售收入總額的比例符合如下要求：
a.近一年銷售收入小于5,000萬元（含）的企業，比例不低于5%；
b.近一年銷售收入在5,000萬元至2億元（含）的企業，比例不低于4%；
c.近一年銷售收入在2億元以上的企業，比例不低于3%；
其中，企業在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例不低于60%；
6、近一年高新技術產品（服務）收入占企業同期總收入的比例不低于60%；
7、企業創新能力評價應達到相應要求；
8、企業申請認定前一年內未發生重大、重大質量事故或嚴重環境違法行為。
有效期限和年審規定不同
1、高新技術企業有限期為三年，三年復審，第六年重新認定。擬認定的高新技術企業每年按照相關規定報統計和科委備案，同時在地方企業所得稅減免所辦理減免備案。
2、軟件企業實行每年年檢，根據軟件企業管理辦法規定的指標和資料，提供相關資料，每年的六月份之前辦理軟件企業年檢，如果通過了，可以享受上一年度的企業所得稅減免，如果沒有通過，不能享受企業所得稅減免。
所享受的企業所得稅優惠不同
1、高新技術企業認定后，在地方稅務局備案后，企業所得稅由原先的25%減少為15%。企業需要每年在稅務局做高新技術企業備案，通過后，才能享受到優惠政策。
2、軟件企業認定，在稅務局備案后，自獲利年度起，年和第二年免征企業所得稅，第三年至第五年減半征收企業所得稅。享受完五年優惠后，不再享受任何企業所得稅優惠政策（包括高新企業優惠政策），企業所得稅按照25%征收。
所享受的其他優惠政策不同
（一）高新技術企業可享受的其他優惠政策：
1、經認定的國家高新技術企業，在部分園區可獲得1-20萬元的獎勵；
2、經認定的國家高新技術企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷；
3、經國家科委認定的高新技術企業，包括但不限于在國家的一些扶持項目申報上有幫助，有的項目申請還強制要求必須有國家高新資質才能申請；
（二）軟件企業可享受的其他優惠政策：
1、軟件產品登記后，對增值稅一般納稅人銷售其自行開發生產的軟件產品，按13%的法定稅率征收增值稅后，對其增值稅實際稅負超過3%的部分實行即征即退政策。
2、軟件企業認定后，在我國境內設立的軟件企業可享受企業所得稅優惠政策。2012年1月1日以后創辦軟件企業經認定后，自獲利年度起，享受企業所得稅“二免三減半“的優惠政策。
3、軟件生產企業實行增值稅即征即退政策所退還的稅款，由企業用于研究開發軟件產品和擴大再生產，不作為企業所得稅應稅收入，不予征收企業所得稅。
4、經認定的軟件生產企業的工資和培訓費用，可按實際發生額在計算應納稅所得額時扣除。