1. 功能區別：
1.1 公眾號主要服務于企業和個人的營銷與信息傳遞（服務號兼顧了一部分產品應用與服務能力），而小程序主要面向產品與服務。
1.2 公眾號為用戶提供了一種面向廣大微信用戶的新信息傳播方式，構建與讀者之間體驗更好的溝通與管理模式，結合H5以后，公眾號也能夠提供一些簡單交互功能，但是體驗不是很。
1.3 小程序與公眾號在開發語言、設計規范、營銷方式、審核機制等功能方面均有較大不同；小程序主要旨在提供具體服務，小程序運行更流暢，能夠提供更加復雜的產品與服務。
2. 入口區別：
系統給了小程序獨立的統一入口讓小程序不至于淹沒在用戶聊天或公眾號列表中；另外小程序也支持公眾號菜單和推文鏈接、朋友圈分享太陽碼、群與小程序、附近小程序之間的互動與導流；截至目前，系統一共為小程序提供了40多類入口，這些入口善加利用可為小程序帶來大量長尾流量。
3. 體驗區別：
3.1 技術區別：談到小程序和公眾號的體驗區別就得談一下底層的技術區別，因為這是小程序和公眾號用戶體驗不同的根源。
3.1.1 小程序類似于系統內優化過的CS結構（客戶端—服務器結構）應用，但并不像傳統CS結構應用一樣需要安裝客戶端軟件，小程序通過WebSocket等連接技術實現雙向通信、通過本地緩存圖片與UI空間等程序框架降低與服務器交互延時，通過系統底層技術優化實現了接近原生手機APP的體驗。
3.1.2 公眾號是典型的BS結構（瀏覽器—服務器結構）應用，公眾號應用主要基于傳統H5開發與運行，而傳統H5運行環境是瀏覽器，瀏覽器應用的特點是每次刷新頁面都要去服務器取一遍內容，因此體驗明顯偏慢和不流暢。
3.1.3 從兩者的系統權限方面，小程序能夠通過APP獲得更多的系統權限，比如網絡通信狀態、數據緩存能力等。在此機制下，APP相當于架在原有系統中的新的操作系統，小程序借助系統與系統間接交互，使得能夠擁有原生APP的體驗。而這一點恰巧是原有公眾號內的H5 web 應用的不足，因此，H5應用主要用于業務邏輯與交互簡單的應用中，wboll認為未來體驗良好的應用都應該用小程序重構或者建立。
3.2 說完技術上的區別我們再去談體驗問題就非常的清晰了。公眾號中原有H5應用點擊功能后經常頂部出現綠色進度條需要等一段時間（有時候是很長時間），對于業務邏輯復雜交互要求高的應用使用起來體驗就非常差。而小程序非常流暢幾乎無需等待，類似普通APP操作后切換一樣流暢。主要原因是公眾號沒有本地緩存，所以每次打開都是會請求服務器刷新頁面，造成延時較長、體驗下降，小程序中UI與圖片已經本地緩存，只需請求服務器端數據，頁面切換并不刷新，所以體驗上才能媲美原生APP。