財務軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準的財務軟件來替代手工記賬。
會計資料交接麻煩、不夠規范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續，發現遺失或毀損時無法查找。
代理記賬單位通常是定期或定時上門服務，日常業務可通過電話溝通，會計不是隨時在單位辦理和咨詢業務
準備材料
1、公司法定代表人簽署的《公司設立登記申請書》；
2、全體股東簽署的公司章程；
3、法人股東資格證明或者自然人股東身份證及其復印件；
4、董事、監事和經理的任職文件及身份證復印件；
5、指定代表或委托代理人證明；
6、代理人身份證及其復印件；
7、住所使用證明。
注：住所使用證明材料的準備，分為以下三種情況：
（1）若是自己房產，需要房產證復印件，自己的身份證復印件；
（2）若是租房，需要房東簽字的房產證復印件，房東的身份證復印件，雙方簽字蓋章的租賃合同，和租金發票；
（3）若是租的某個公司名下的寫字樓，需要該公司加蓋公章的房產證復印件，該公司營業執照復印件，雙方簽字蓋章的租賃合同，還有租金發票。
納稅人發生解散、破產、撤銷以及其他情形，依法終止納稅義務的，應當在向工商行政管理機關或者其他機關辦理注銷登記前，持有關證件向原稅務登記機關申報辦理注銷稅務登記；按照規定不需要在工商行政管理機關或者其他機關辦理注冊登記的，自有關機關批準或者宣告終止之日起15日內，持有關證件向原稅務登記機關申報辦理注銷稅務登記。
