無菌室一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間。可以用板材和玻璃建造。面積不宜過大，約 4 — 5 平方米即可，高 2.5 米左右。無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。
在獲得了無菌環境和無菌材料后，還要保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究或利用它們的功能，否則外界的各種微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的現象，在微生物學中叫做污染雜菌。防止污染是微生物學工作中十分關鍵的技術。一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環境中去。為了這些目的，在微生物學中，有許多措施。
準備工作
1． 先進行無菌室空間的，開啟紫外燈30—60分鐘
2． 檢驗用的有關器材， 搬入無菌室前必須分別進會
3． 操作人員必須將手清洗，穿戴好無菌工作衣、帽和鞋，才能進入無菌室
4． 進入無菌室后再一次手部，然后才進行檢驗操作
無菌室內配置了百級超凈工作臺也并不是所有都可以進行實驗的，一般常規的菌落總數、微生物培養、血細胞培養、研究、干細胞研究、大腸菌等實驗可以在百級超凈臺進行。但是如果需要做致病，為了達到保護實驗室人員的問題，就必須得建造生物實驗室，使用生物柜進行實驗。該類實驗不能在普通的無菌實驗室中進行。