醫藥潔凈工程中潔凈室這個概念一開始就是因為手術室才存在的，在沒有潔凈室的年代據大數據統計每年都有約10%的病患因感染而喪命。外科手術中病患的傷口更是直接暴露在空氣中，所以感染率更高。空氣潔凈技術用在手術室工程中可以創造出一個無菌環境，將正在進行手術的醫生和病患以及手術器械都籠罩在內，極大地降低了感染率。
單向流潔凈室一般有兩種類型，即水平流和垂直流。在水平流系統中，氣流是從一面墻流向另一面墻。在垂直流系統中，氣流是從吊頂流向地面。對要求潔凈室的懸浮粒子濃度或微生物濃度更低的場合，就使用單向氣流。以前稱這類潔凈室為“層流”潔凈室。單向流和層流的名稱均說明了其氣流的狀況：氣流以一個方向流動（或是垂直的或是水平的），并以一般是0.3米/秒至0.5米/秒（60英尺/分鐘至100英尺/分鐘）的均速流過整個空間。由滿布潔凈室吊頂的過濾器向室內送風。氣流有如一個空氣活塞，向下流經室內，帶走污染物，然后從地面排出。又在與外部的一些新鮮空氣混合后，再循環至過濾器。
潔凈室中由于靜電引起的的事故屢有發生，因此潔凈室的防靜電能力如何已成為評價其質量的一個不可忽視的方面。
醫藥潔凈工程中對環境清潔要求比較高的非手術室不可，一個現代化的手術室會使用空氣清潔技術代替傳統的紫外線來控制整個過程中的環境不受污染。手術室工程質量做的好，患者的感染率可降低10倍以上，醫生相對應的也會減少或不使用損害患者免疫系統的。潔凈室工程的質量和醫療質量有直接的重要關系，成功不是一個環節做好就可以達成的，每個都差一點累積起來就是差很多，所以不要忽略每一個環節。
醫藥潔凈工程在符合生產工藝基本條件的前提下，為了達到加大凈化效果、節約能源的目的，具有空氣凈化要求的房間應做特殊的布置。.空氣清潔度高的潔凈車間應放置在人員較少的地方，并布置在空調機房的旁邊。由內到外的空間布局應與該空間對環境空氣潔凈度要求由高到低相對應，對潔凈度要求相同的潔凈車間應相對集中，防止等級不同的車間之間互相污染。
