醫藥潔凈工程史上的初個潔凈室建于1966年在美國，當時已有實驗證明，一定量的空氣微粒進入到人體血液中會引發一系列的并發癥，所以該潔凈室主要用于醫院的外科手術室工程。手術環境解決后，人們又把目光轉移到制藥工程上，因為含有的一旦進入人體，也會引起人體的病變反應，所以制藥潔凈室工程的建立也被劃入了醫學研究范圍。
醫藥潔凈工程中潔凈室的使用起源于手術室要求，起初它僅廣泛用于整形外科手術，因為整形外科手術時間比較長并且易于感染?，F代手術室醫療條件可以使醫生連續十幾個小時完成一臺手術，而不用擔心病患在此過程中被感染。理想的控制狀態是手術臺附近的空氣潔凈度為100級，一般會使用3m*3m過濾器置于手術臺頂端就可以將整個手術臺和醫護人員包含在內。潔凈室工程是醫院的重要工程之一，其工程質量直接影響到醫院的正常使用和病患的效果。要提高醫院潔凈室的工程質量，必須在工程設計上周密考慮，并在后期施工和維護工作中嚴格把控每一項工作。
醫藥潔凈工程中潔凈室這個概念一開始就是因為手術室才存在的，在沒有潔凈室的年代據大數據統計每年都有約10%的病患因感染而喪命。外科手術中病患的傷口更是直接暴露在空氣中，所以感染率更高?？諝鉂崈艏夹g用在手術室工程中可以創造出一個無菌環境，將正在進行手術的醫生和病患以及手術器械都籠罩在內，極大地降低了感染率。
醫藥潔凈工程為了保障醫藥產品的質量，防止在生產過程中環境中的污染源對產品進行污染，潔凈車間必須滿足醫藥生產規定的環境參數要求。醫藥工業廠房空氣潔凈度主要分為3個等級，100級（含塵濃度≦3500個/ m，含菌濃度≦5個/ m）、10000級（含塵濃度≦350000個/ m，含菌濃度≦100個/ m）和100000級（含塵濃度≦3500000個/ m，含菌濃度≦500個/ m），不同的區域等級不同。
