醫藥潔凈工程史上的初個潔凈室建于1966年在美國，當時已有實驗證明，一定量的空氣微粒進入到人體血液中會引發一系列的并發癥，所以該潔凈室主要用于醫院的外科手術室工程。手術環境解決后，人們又把目光轉移到制藥工程上，因為含有的一旦進入人體，也會引起人體的病變反應，所以制藥潔凈室工程的建立也被劃入了醫學研究范圍。
手術室工程完成后醫生的護理也比較重要，手術護理主要從下面兩點來進行：
其一是手術護理：手術室的護理非常重要，在進行護理之前一定要保障護理的。護理人員要嚴格執行查對制度，對患者的病歷、腕帶、手術通知、切口標識進行準確的核對，交接班一定要認真。在搬運患者的過程中，動作要輕、穩，注意不要碰到患者的損傷部位。在手術過程中，用藥、輸血均要進行嚴格的檢查核對，使用過的藥瓶、儲血袋等在手術完成后經過核對清楚才能丟棄。手術中所需的器械、物品等也必須經過嚴格的檢查等等。手術室的護理工作是保障手術能夠有效進行的重要基礎，對于手術的進行有著非常重要的作用。
單向流潔凈室一般有兩種類型，即水平流和垂直流。在水平流系統中，氣流是從一面墻流向另一面墻。在垂直流系統中，氣流是從吊頂流向地面。對要求潔凈室的懸浮粒子濃度或微生物濃度更低的場合，就使用單向氣流。以前稱這類潔凈室為“層流”潔凈室。單向流和層流的名稱均說明了其氣流的狀況：氣流以一個方向流動（或是垂直的或是水平的），并以一般是0.3米/秒至0.5米/秒（60英尺/分鐘至100英尺/分鐘）的均速流過整個空間。由滿布潔凈室吊頂的過濾器向室內送風。氣流有如一個空氣活塞，向下流經室內，帶走污染物，然后從地面排出。又在與外部的一些新鮮空氣混合后，再循環至過濾器。
潔凈室中由于靜電引起的的事故屢有發生，因此潔凈室的防靜電能力如何已成為評價其質量的一個不可忽視的方面。
醫藥潔凈工程為了保障醫藥產品的質量，防止在生產過程中環境中的污染源對產品進行污染，潔凈車間必須滿足醫藥生產規定的環境參數要求。醫藥工業廠房空氣潔凈度主要分為3個等級，100級（含塵濃度≦3500個/ m，含菌濃度≦5個/ m）、10000級（含塵濃度≦350000個/ m，含菌濃度≦100個/ m）和100000級（含塵濃度≦3500000個/ m，含菌濃度≦500個/ m），不同的區域等級不同。
