醫藥潔凈室工程中的潔凈室還常用在護理病房中，護理病房在以前只是采用定期和禁止外人進出的措施來減少病菌，這種方法有一定效果，但并不完善。所以后來人們想營造出類似手術室工程中的無菌空間來作為護理室，的確這樣操作后，被隔離的病人出現感染的概率大大降低了。依據病人生病的嚴重程度，潔凈室工程中護理室也分為好幾個等級，不同級別的空氣潔凈度等級不一樣，醫生在安排時可依據病人的實際狀況來進行分配。
對于以微生物為控制對象的生物潔凈室（例如：生物制藥、潔凈手術室、無菌室、生物實驗室、實驗無菌動物飼養室等）其重點要控制微生物的產生和傳播，因為潮濕和水分是微生物滋生和繁殖的條件，因此水加濕的淋水、濕膜、高壓噴霧等方法不能用在生物潔凈室中，只能采用干蒸汽加濕和電極（電熱）式加濕。
凈化工程的設計過程中，應加強對光學微電子行業凈化工程設計方案分析了解,根據該工程是新建工程或者是舊廠房改造工程，并結合其具體的生產工藝、生產流程等要求確定其需要的潔凈度、溫濕度。再根據該工程的具體情況，同時還要考慮到生產廠家的經濟承受能力，綜合各種因素來確定采用何種凈化方案，這樣才可設計出一個能滿足甲方生產使用要求、工程造價合理、經濟節能實用的方案。
醫藥潔凈工程中對環境清潔要求比較高的非手術室不可，一個現代化的手術室會使用空氣清潔技術代替傳統的紫外線來控制整個過程中的環境不受污染。手術室工程質量做的好，患者的感染率可降低10倍以上，醫生相對應的也會減少或不使用損害患者免疫系統的。潔凈室工程的質量和醫療質量有直接的重要關系，成功不是一個環節做好就可以達成的，每個都差一點累積起來就是差很多，所以不要忽略每一個環節。
醫藥潔凈工程中生產區域要求潔凈車間內應保持適當的新鮮空氣，保證室內工作人員每人每小時都有不少于40m的新鮮空氣。溫度和濕度的要求與潔凈車間的潔凈度息息相關，通常潔凈度為100級和10000級的潔凈車間要求溫度為20~24℃、濕度為45~60%；潔凈度為100000級的潔凈車間要求溫度為18~28℃、濕度為50~65%。
醫藥潔凈工程中潔凈車間還要求提供足夠的照明，主要工作區域照明亮度值應高于300lux。無塵廠房的走廊和次要工作區域照明亮度值應在150～300lux之間。
醫藥潔凈工程之無塵廠房的設計既要滿足現階段產品的生產的基本需求，又要考慮到后續生產拓展和技術改進的可能性。潔凈車間的指標也是醫藥生產性的重要指標，切不可大意。
