無菌潔凈車間的內部裝修要求房間圍護結構的空氣密封性好，房內無衛生死角，裝修材料表面光潔但不反光、耐壓力而不起塵、易于清潔、不易發生霉變和長菌、能夠適應各種劑和氣體熏蒸的腐蝕和紫外線照射。凈化廠房墻、頂板材一般多采用50mm厚的夾芯彩鋼板制造，其特點為美觀、剛性強。圓弧墻角、門、窗框等一般采用專用氧化鋁型材制造。
無塵無菌車間是車間既能達到無塵效果，又能達到無菌效果的一種新有名詞。它是污染控制的源頭。在工廠里，沒有無塵室，污染敏感度高的零件不可能批量生產。無塵無菌車間被定義為具備空氣過濾、優化、構造材料和組裝的房間，其中特定的規定操作程序是控制空氣懸浮微粒濃度，從而達到其規定的標準。
無菌車間又叫無菌室，它的要求更高，除了按潔凈室要求處理空氣中微粒外，還需要對室內空氣進行處理，即同時要去除生物污染源，對室檢查還需要對室內空氣采樣培養，以杜絕感染源。醫院手術室、血液透析室、藥品及三類一次性醫療用品生產都要求使用無菌室；但是檢測時需要檢測浮游菌、沉降菌等菌落數。
無塵無菌車間內空氣的流動有兩種情況：一種是層流的(即室內一切懸浮粒子都保持在層流層中運動);另一種是非層流的(即室內空氣的流動是紊流的)。裝有一般空調系統的潔凈室，室內空氣的流動屬于非層流(紊流)，既可使空氣中夾帶的混懸粒子迅速混合，也可使室內靜止的微粒重新飛揚，部分空氣還可出現停滯狀態。
