無菌定義是要求沒有活體微生物的存在，為了達到無菌車間內沒有活體微生物，無菌車間在產品制造過程中需要采取各種方法來去除制品中原有的微生物和防止制品受到微生物的污染。
一個普通的無塵凈化車間，會涉及到凈化裝飾、地面、凈化空調與通風系統、冷熱源系統、照明系統、動力系統、通信系統、監控系統、自動化控制系統、給排水系統、工藝管道系統等工程。
無菌車間又叫無菌室，它的要求更高，除了按潔凈室要求處理空氣中微粒外，還需要對室內空氣進行處理，即同時要去除生物污染源，對室檢查還需要對室內空氣采樣培養，以杜絕感染源。醫院手術室、血液透析室、藥品及三類一次性醫療用品生產都要求使用無菌室；但是檢測時需要檢測浮游菌、沉降菌等菌落數。
1、進入無塵無菌車間管理，包括對無塵無菌車間工作人員進入、物料進入、各類設備的搬入以及相關的設備、管線的維護管理，應做到不得將微粒、微生物帶入無塵無菌車間。
2、操作管理技術，對無塵無菌車間內人員用潔凈工作服的制作、穿著和清洗;操作人員的移動和動作;室內設備及裝修材料的選擇和清掃、滅茵等，盡可能地減少、防止無塵無菌車間內塵粒、微生物的產生、滯留、繁殖等。
3、嚴格各類設備、設施的維護管理，制定相應的操作規程，保證各類設備、設施按要求正常運轉，包括凈化空調系統、各類水氣電系統、生產工藝設備和工器具(工裝夾具)等。以確保產品生產工藝要求和空氣潔凈度等級。
4、清掃、管理，對無塵無菌車間內的各類設備、設施的清掃、滅茵以及方法、周期和檢查作明確的規定，防止、捎除無塵無菌車間內塵粒、微生物的產生、滯留、繁殖。
5、無塵無菌車間環境控制的內容包括：空氣凈化、潔凈建筑、與產品直接接觸的水或氣體或化學品和生產設備、工器具等的污染物控制以及微振動、噪聲、靜電的控制、防止等。
承接食品廠無菌車間工程，對超高溫有蒸煮味的物料可采用高溫短時，此種方法可較好保持產品的營養、風味，其典型應用是對牛乳制品的以及部份蔬菜制品。物料的冷方法是指根據不同場合各種劑或紫外線、輻射、微波照射等以達到目的。
