在無菌車間中，使空間內達到無菌要求，就是室內環境控制的重點。控制微生物的生長、殺滅或去除微生物的方法通常有兩種，一種為化學類，另一種為物理類。其中，化學方法有化學劑、氣化雙氧水、臭氧和環氧乙烷等;物理方法有濕熱或干熱、輻射和過濾等。
無塵無菌車間是指將一定空間范圍內之空氣中的微粒子、有害空氣、等之污染物排除，并將室內之溫度、潔凈度、室內壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內，而所給予特別設計之房間。
不論外在之空氣條件如何變化，其室內均能俱有維持原先所設定要求之潔凈度、溫濕度及壓力等性能之特性。無塵車間最主要之作用在于控制產品(如硅芯片等)所接觸之大氣的潔凈度日及溫濕度，使產品能在一個良好之環境空間中生產、制造，此空間我們稱之為無塵車間。
無塵無菌車間一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間。可以用板材和玻璃建造。面積不宜過大，約4 ~5 平方米即可，高2.5 米左右。無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無塵無菌車間和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。
