無塵無菌車間是車間既能達到無塵效果，又能達到無菌效果的一種新有名詞。它是污染控制的源頭。在工廠里，沒有無塵室，污染敏感度高的零件不可能批量生產。無塵無菌車間被定義為具備空氣過濾、優化、構造材料和組裝的房間，其中特定的規定操作程序是控制空氣懸浮微粒濃度，從而達到其規定的標準。
無菌車間又叫無菌室，它的要求更高，除了按潔凈室要求處理空氣中微粒外，還需要對室內空氣進行處理，即同時要去除生物污染源，對室檢查還需要對室內空氣采樣培養，以杜絕感染源。醫院手術室、血液透析室、藥品及三類一次性醫療用品生產都要求使用無菌室；但是檢測時需要檢測浮游菌、沉降菌等菌落數。
無塵無菌車間一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間。可以用板材和玻璃建造。面積不宜過大，約4 ~5 平方米即可，高2.5 米左右。無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無塵無菌車間和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。
承接食品廠無菌車間工程，對超高溫有蒸煮味的物料可采用高溫短時，此種方法可較好保持產品的營養、風味，其典型應用是對牛乳制品的以及部份蔬菜制品。物料的冷方法是指根據不同場合各種劑或紫外線、輻射、微波照射等以達到目的。
