無菌定義是要求沒有活體微生物的存在，為了達到無菌車間內沒有活體微生物，無菌車間在產品制造過程中需要采取各種方法來去除制品中原有的微生物和防止制品受到微生物的污染。那么，在無菌車間中，使空間內達到無菌要求，就是室內環境控制的重點。控制微生物的生長、殺滅或去除微生物的方法通常有兩種，一種為化學類，另一種為物理類。其中，化學方法有化學劑、氣化雙氧水、臭氧和環氧乙烷等；物理方法有濕熱或干熱、輻射和過濾等。
無菌容器和密封件以及灌裝封口作業的局部暴露區域內空氣的潔凈度應達到100級要求，該潔凈度下每立方米空氣中含有≥0.5靘的粒子數應不得過3500個，空氣浮游菌的含量應不得超過5CFU/m3。
無菌操作區域內的100級潔凈區內的空氣在其使用點處應經過濾器過濾后呈單向流態（層流）輸送，流速應滿足空氣以活塞的方式吹除灌封區內的懸浮粒子的需要。
無塵無菌包裝分成大包裝和小包裝兩種，前者包裝容量為5-220L ，可到1000L，主要供食品廠家進行分裝銷售;后者包裝容量為70-1200ml，供市場銷售，直接供應消費者。
無塵無菌包裝包括包裝材料的無塵無菌、包裝產品的無塵無菌、包裝環境的無塵無菌和包裝后完整封合四個要素.“無塵無菌”表明了產品中不含任何影響產品質量 的微生物,“完整封合”表明了經過適當的機械手段將產品封合到一定容積的包裝內,能防止微生物和氣體或水蒸汽進入包裝。
一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環境中去。為了這些目的，在微生物學中，有許多措施。
