無菌潔凈車間的內部裝修要求房間圍護結構的空氣密封性好，房內無衛生死角，裝修材料表面光潔但不反光、耐壓力而不起塵、易于清潔、不易發生霉變和長菌、能夠適應各種劑和氣體熏蒸的腐蝕和紫外線照射。
無塵無菌車間內空氣的流動有兩種情況：一種是層流的(即室內一切懸浮粒子都保持在層流層中運動);另一種是非層流的(即室內空氣的流動是紊流的)。裝有一般空調系統的潔凈室，室內空氣的流動屬于非層流(紊流)，既可使空氣中夾帶的混懸粒子迅速混合，也可使室內靜止的微粒重新飛揚，部分空氣還可出現停滯狀態。
食品物料的分為熱力和冷菌。食品無塵無塵無菌包裝的物料到目前為止主要是熱力，其又分超高溫和高溫短時兩種，物料的冷方法 主要指紫外線和微波。超高溫是指在溫度和時間分別為135-150℃和2-8秒的條件下，對乳品或其他食品進行處理的一種工藝。由于它具有許多優 點，特別是可以解決既能殺死產品中的微生物，又可較好的保持食品品質與營養價值這對矛盾，現已廣泛應用于牛乳、果汁及果汁飲料、豆乳、茶、酒、礦泉水及其 它產品的生產。
一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環境中去。為了這些目的，在微生物學中，有許多措施。
