在獲得了無菌環境和無菌材料后，還要保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究或利用它們的功能，否則外界的各種微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的現象，在微生物學中叫做污染雜菌。
無菌室應定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。 需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法。 工作人員進入無菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌室進行操作。
準備工作 1． 先進行無菌室空間的，開啟紫外燈30—60分鐘 2． 檢驗用的有關器材， 搬入無菌室前必須分別進會 3． 操作人員必須將手清洗，穿戴好無菌工作衣、帽和鞋，才能進入無菌室 4． 進入無菌室后再一次手部，然后才進行檢驗操作
接種針每次使用前后，必須通過火焰燃燒，待冷卻后，方可接種培養物 。帶有菌液的吸管、試管等器皿應浸泡在盛有5%的來蘇兒溶液的桶內，24h 取出沖洗;培養皿則需在高壓器中重新后方可處理營養基，切記不要直接沖入下水道中，防止阻塞。如有菌液灑在桌上或地上，應立即用 5%石碳酸溶液或 3%的來蘇兒傾覆在被污染處至少 30min，再做處理，工作衣帽等受到菌液污染時，應立即脫去，高壓蒸汽后洗滌 。
