無菌室應定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。
需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法。
工作人員進入無菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌室進行操作。
在獲得了無菌環境和無菌材料后，還要保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究或利用它們的功能，否則外界的各種微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的現象，在微生物學中叫做污染雜菌。
無菌室前，應將所有物品置于操作之部位（待檢物例外），然后打開紫外燈30分鐘，時間一到，關閉紫外燈待用
進入無菌室前，必須于緩沖間更換過的工作服、工作帽及工作鞋。
操作應嚴格按照無菌操作規定進行，操作中少說話，不喧嘩，以保持環境的無菌狀態。
吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管，如吸管碰到手及其它未的物體，必須重 新 更 換 ，以 防污染 。
操作過程注意事項
1． 動作要輕，不能太快，以免攪動空氣增加污染；玻璃器皿也應輕取輕放，以免破損污染環境
2． 操作應在近火焰區進行。
3． 接種環、接種針等金屬器材使用前后均需灼燒，灼燒時先通過內焰，使殘物烘干后再灼燒
4． 使用吸管時，切勿用嘴直接吸、吹吸管，而必須用洗耳球操作。
5． 觀察平板時不好 開蓋，如欲沾取菌落檢查時，必需靠近火焰區操作，平皿蓋也不能 大開，而是上下蓋適當開縫。
6． 進行可疑致病菌涂片染色時，應使用夾子夾持玻片，切勿用手 直接拿玻片，以免造成污染，用過的玻片也應置于液中浸泡，然后再洗滌。
7． 工作結束，收拾好工作臺上的樣品及器材，用液擦拭工作臺。
