無菌室使用前必須打開無菌室的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應及時清理無菌室，再用紫外燈輻照30分鐘。
供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用75%的酒精棉球外表面。
每次操作過程中，均應做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。
吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。
接種針每次使用前后，必須通過火焰灼燒，待冷卻后，方可接種培養物。
帶有菌液的吸管，試管，培養皿等器皿應浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的桶內，24小時后取出沖洗。
凡帶有活菌的物品，必須經后，才能在水下沖洗，嚴禁污染下水道。
要求
1．工作室應矮小、平整，面積只需4米2左右，高2.2—2.3米，內部裝修應平整、光滑，無凹凸不平或棱角等，四壁及屋頂應用不透水之材質，便于擦洗及
2．室內采光面積大，從室外應能看到室內情況。
3．為保證無菌室的潔凈，無菌室周圍需設緩沖走廊，走廊旁再設緩沖間，其面積可小于無菌室。
4．無菌室、緩沖走廊及緩沖間均設有日光燈及供空氣用紫外燈，紫外燈離工作臺以1米為宜 ，其電源開關均應設在室外。
5．無菌室與緩沖間進出口應設拉門，門與窗平齊，門縫要封緊，兩門應錯開，以免空氣對流造成污染。
定期檢查室內空氣無菌狀況，數應控制在10個以下，發現不符合要求時，應立即徹底。/無菌室無菌程度的測定方法：取普通肉湯瓊脂平板、改良馬丁培養基平板各3個（平板直徑均9厘米），置無菌室各工作位置上，開蓋曝露半小時，然后倒置進行培養，測總數應置37℃溫箱培養48小時；測霉菌數則應置27℃溫箱培養5天。`霉菌總數均不得超過10個為 。
微生物檢驗用器材及場所必須進行或處理，不同的對象采用不同的處理方法
1． 高壓蒸汽: 工作服、口罩、稀釋液等，置高壓鍋內，一般采用121℃半小時,當然不同的培養基有不同的要求,應分別處理
2． 火焰：接種針、接種環等可直接火焰
3． 高溫干燥： 各種玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小時
4． 一 般: 無菌室內的凳、工作臺、試管架、天平、待檢物容器或包裝均無法進行，必須用其他方法進行處理，采用2%石炭酸或來蘇兒水溶液擦拭，工作人員的手也用此法進行
5． 空氣的： 開啟紫外燈照射30—60分鐘 即可。
