1.無菌室應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在18-24℃，濕度保持在45-65%。超凈臺潔凈度應達到100級。
2.無菌室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。
3.嚴防一切器材和培養基污染，已污染者應停止使用。
4.無菌室應備有工作濃度的液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新潔爾滅溶液，等等。
在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替超凈臺。無菌箱結構簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃，便于在內部操作，箱內部裝有紫外線燈，從側面小門可以放進去器具和菌種等。
定期檢查室內空氣無菌狀況，數應控制在10個以下，發現不符合要求時，應立即徹底。/無菌室無菌程度的測定方法：取普通肉湯瓊脂平板、改良馬丁培養基平板各3個（平板直徑均9厘米），置無菌室各工作位置上，開蓋曝露半小時，然后倒置進行培養，測總數應置37℃溫箱培養48小時；測霉菌數則應置27℃溫箱培養5天。`霉菌總數均不得超過10個為 。
接種針每次使用前后，必須通過火焰燃燒，待冷卻后，方可接種培養物 。帶有菌液的吸管、試管等器皿應浸泡在盛有5%的來蘇兒溶液的桶內，24h 取出沖洗;培養皿則需在高壓器中重新后方可處理營養基，切記不要直接沖入下水道中，防止阻塞。如有菌液灑在桌上或地上，應立即用 5%石碳酸溶液或 3%的來蘇兒傾覆在被污染處至少 30min，再做處理，工作衣帽等受到菌液污染時，應立即脫去，高壓蒸汽后洗滌 。
