無菌室應定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。
需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法。
工作人員進入無菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌室進行操作。
無菌室使用前必須打開無菌室的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應及時清理無菌室，再用紫外燈輻照30分鐘。
供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用75%的酒精棉球外表面。
每次操作過程中，均應做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。
吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。
接種針每次使用前后，必須通過火焰灼燒，待冷卻后，方可接種培養物。
帶有菌液的吸管，試管，培養皿等器皿應浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的桶內，24小時后取出沖洗。
凡帶有活菌的物品，必須經后，才能在水下沖洗，嚴禁污染下水道。
無菌室一個應用行業非常廣泛的基礎性配套產業，在電子信息、半導體、光電子、精密制造、醫藥衛生、生物工程、航天航空、汽車噴涂等眾多行業均有應用，并根據行業的精密與無塵要求，等級差別也較大。
級別的當屬航天航空的航空倉，基本是屬于1級，屬于特殊領域，面積相對較小。
另外對級別要求較高的是生化實驗室和高精納米材料生產車間，物聯網芯片的發展將是未來需求的一大方向。
隨著電子元器件向微小化方向發展，液晶面板已經升級至第八代，行業需求非常巨大。
定期檢查室內空氣無菌狀況，數應控制在10個以下，發現不符合要求時，應立即徹底。/無菌室無菌程度的測定方法：取普通肉湯瓊脂平板、改良馬丁培養基平板各3個（平板直徑均9厘米），置無菌室各工作位置上，開蓋曝露半小時，然后倒置進行培養，測總數應置37℃溫箱培養48小時；測霉菌數則應置27℃溫箱培養5天。`霉菌總數均不得超過10個為 。
