無菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實驗室內，可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后，只有保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究。
無菌室一個應用行業非常廣泛的基礎性配套產業，在電子信息、半導體、光電子、精密制造、醫藥衛生、生物工程、航天航空、汽車噴涂等眾多行業均有應用，并根據行業的精密與無塵要求，等級差別也較大。
級別的當屬航天航空的航空倉，基本是屬于1級，屬于特殊領域，面積相對較小。
另外對級別要求較高的是生化實驗室和高精納米材料生產車間，物聯網芯片的發展將是未來需求的一大方向。
隨著電子元器件向微小化方向發展，液晶面板已經升級至第八代，行業需求非常巨大。
無菌室應保持清潔整齊，室內僅存放必須的檢驗用具如酒精燈、酒精棉、火柴、鑷子、接種針、接種環、玻璃鉛筆等。&不要放與檢測無關的物品。室內檢驗用具及凳桌等保持固定位置，不隨便移動。每2—3周用2%石炭酸水溶液擦拭工作臺、門、窗、桌、椅及地面，然后用3%石炭酸水溶液噴霧空氣，紫外燈半小時
準備工作
1． 先進行無菌室空間的，開啟紫外燈30—60分鐘
2． 檢驗用的有關器材， 搬入無菌室前必須分別進會
3． 操作人員必須將手清洗，穿戴好無菌工作衣、帽和鞋，才能進入無菌室
4． 進入無菌室后再一次手部，然后才進行檢驗操作
