1.無菌室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。
2.嚴防一切器材和培養基污染，已污染者應停止使用。
3.無菌室應備有工作濃度的液，如5%的甲酚溶液，70%的酒精，0.1%的新潔爾滅溶液，等等。
4.無菌室應定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。
5 需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法。
6.無菌室使用前必須打開無菌室的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應及時清理無菌室，再用紫外燈輻照20分鐘。
無菌室空氣凈化工程是屬于生物凈化工程的一種，一般無菌室要求的潔凈度為萬級，標準的微生物檢測實驗室都會專門開辟5~8個平方出來建造無菌室，無菌室只要夠放置實驗室樣品及必需的設備即可，面積無需過大而造成浪費，面積過大對于做無菌室空氣凈化工程來說不僅僅是提高建造成本而已，日后的運行及維護費用也會高的令人驚訝。一般微生物檢測按照實驗室行業要求都需要在無菌室中進行，很多食品菌、微生物等都是在超凈工作臺中完成檢測和化驗的。
無菌室內天花板應與風管、管道、燈具、風口等的安裝脫開，光滑、無裂縫，易于清洗。無菌室的門窗材料應選擇耐受性好、自然變形小、制造誤差小、容易控制縫隙、氣密性好的材料，采用雙層中空玻璃結構的雙層窗，既節約空間、又節約能源，還可以避免玻璃窗結露引起霉變，造成污染；窗盡量采用大玻璃，這樣可減少積灰點，又有利于清潔工作。
無菌室應保持清潔整齊，室內僅存放必須的檢驗用具如酒精燈、酒精棉、火柴、鑷子、接種針、接種環、玻璃鉛筆等。&不要放與檢測無關的物品。室內檢驗用具及凳桌等保持固定位置，不隨便移動。每2—3周用2%石炭酸水溶液擦拭工作臺、門、窗、桌、椅及地面，然后用3%石炭酸水溶液噴霧空氣，紫外燈半小時。
