無菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實驗室內，可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后，只有保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究。
參照《藥品衛生檢驗方法》 《中國藥品檢驗標準操作規范》中 (無菌檢查法)章節 中華人民共和國醫藥行業標準 YY/T0188.6-1995《藥品檢驗操作規程》
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在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替超凈臺。無菌箱結構簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃，便于在內部操作，箱內部裝有紫外線燈，從側面小門可以放進去器具和菌種等。
接種針每次使用前后，必須通過火焰燃燒，待冷卻后，方可接種培養物 。帶有菌液的吸管、試管等器皿應浸泡在盛有5%的來蘇兒溶液的桶內，24h 取出沖洗;培養皿則需在高壓器中重新后方可處理營養基，切記不要直接沖入下水道中，防止阻塞。如有菌液灑在桌上或地上，應立即用 5%石碳酸溶液或 3%的來蘇兒傾覆在被污染處至少 30min，再做處理，工作衣帽等受到菌液污染時，應立即脫去，高壓蒸汽后洗滌 。
