生物藥廠工程設計也要包括以下幾個方面。
，工廠總圖設計。在廠址確定之后，涉及廠區各區域的劃分和布局、車間和其他設施的組成和布局、運輸系統的布局，廠區管線(物料、水、電汽、氣等)的布局、綠化布局、遠期發展、布局規劃等。
第二，潔凈室空調工藝設計。涉及工藝流程、設備選購、生產能力估算、勞動定員和生產班制、車間水、電汽(氣)、冷公用工程量的估算、管道計算和設計、設計說明書的編寫、概預算的編寫、此外還要對其他專業提出要求。
第三，其他設計。采暖通風、供熱、供電(照明和動力)、供汽(氣)、弱電、火災報警、自控儀表、工程經濟、總圖運輸、管道等。
潔凈室懸浮微生物法應采用離心式、狹逢式和針孔式等碰擊式采樣器，采樣時間應根據空氣中微生物濃度來決定，采樣點數可與測定空氣潔凈度測點數相同。各種采樣器應按儀器說明書規定的方法使用。沉降微生物法，應采用直徑９０mm培養皿，在采樣點上沉降３０mm后進行采樣，培養皿最少采樣數應符合表Ｂ.５.２的規定。
背壓補償模式測試：為了使測得風量值更接近于風量的真實值，減小由于風量罩對系統造成壓損而產生的測試誤差。建議在風量大于1500 m/h時采用背壓補償模式測試,
1）當測試模式為“B.Press”時，按下“START”鍵儀器開始測量，風量穩定后測試自動停止。
2）界面提示“打開背壓板”，手動把背壓板打開后，按下“START”鍵，儀器開始測試。
3）測試結束后儀器自動停止，顯示經過背壓補償后的風量值。
4）若對停止時的風量進行保存，可以按“SAVE”鍵將本次測得風量值保存，“Cycle”自動加1。
許多行業的生產環境要求必須是無塵車間，許多客戶在無塵車間建設完工之后，并不了解如何才能判斷無塵車間是否達標，是否滿足自己企業的生產需求，那么在對無塵車間進行測試時都需要通過哪幾項的測試呢？根據IES－RP－CC006．2無塵車間測試的標準，無塵車間的工作狀態分為空態、靜態和動態三種，測試方式取決于無塵車間設計的類型和無塵車間所處的工作狀態。