生物藥廠工程設計也要包括以下幾個方面。
，工廠總圖設計。在廠址確定之后，涉及廠區各區域的劃分和布局、車間和其他設施的組成和布局、運輸系統的布局，廠區管線(物料、水、電汽、氣等)的布局、綠化布局、遠期發展、布局規劃等。
第二，潔凈室空調工藝設計。涉及工藝流程、設備選購、生產能力估算、勞動定員和生產班制、車間水、電汽(氣)、冷公用工程量的估算、管道計算和設計、設計說明書的編寫、概預算的編寫、此外還要對其他專業提出要求。
第三，其他設計。采暖通風、供熱、供電(照明和動力)、供汽(氣)、弱電、火災報警、自控儀表、工程經濟、總圖運輸、管道等。
集中空調系統中風口處的氣流比較復雜，測量工作難度較大。只有不能在分支管處測量，才在風口處測量，一般采用風口風量罩和風口風速法。
相對于風口風速法，風量罩能迅速準確地測量風口平均通風量，無論是安裝在天花板、墻壁或者地面上的送、回、排風口，配備相應的傳感器都可以直接讀出風速、壓力和相對溫濕度，尤其適用于對于散流器式風口。使用時將罩口緊貼天花面，使風口整體完全包容，就可以直接讀取。
所有的無塵車間測試基本上都是基于國際認可的標準（如ISO14644－1；IEST－RP－CC006．2；NEBB手冊和已被終止的FS－209E）。這些標準和慣例對無塵車間的測試和認證提供了最基本的指導。而事實上，無塵車間的業主和承建商因產品，工藝的要求而對無塵車間的技術指標，測試方式和驗收標準有相對于上述標準不同的協議。
我們所推薦的無塵車間測試項目包括過濾器風速有其均勻性、過濾器安裝檢漏、壓差、氣流平行度、潔凈度、噪聲、光照度、濕／溫度等等。這些是基本的測試項目，它包括了主要的和輔助的測試項目。這些項目應于無塵車間最初設計的標準和參數相一致，測試認證應在無塵車間移交業主前完成。
所有無塵車間測試項目中有4個主要項目（過濾器風速及其均勻性、過濾器安裝檢漏、壓差和潔凈度）是最重要和最基本的。在設備進入無塵車間前必須完成。其它的一些輔助測試項目如氣流平行度（只適用于單向流無塵車間）、溫、濕度、光照度、噪聲也需要完成，因為它們與無塵車間中空氣的運動和環境參數有關。我們認為至少在動態條件下需要做以上這些輔助測試。