制藥廠潔凈室工程設計注重節能、環保和消防措施。環境工程貫徹于主體工程同時設計、同時施工、同時投產的“三同時”原則。而項目設計不僅要滿足項目實施的需要，還要同時為企業的未來發展留有余地。
具體而言，潔凈空調系統通常按不同的功能區設計，基本各功能區獨立空調，是工程部運行維護的重點，也通過充分的驗證及BMS/EMS監控來保障。
純化水系統中是否一定要配置EDI也可根據生產需求。此外，壓縮空氣分配系統0.22μm的過濾器的安裝位置，分析結果可為動力房等非潔凈區用點，該類用點無需經過過濾。
冷庫系統方面，生物制藥企業的冷庫必須保證成品的儲存條件，制冷劑一般設計有兩套切換使用，也相當于有一用一備以確保物料的，物料的轉移作為備用方案。
潔凈室墻體厚度的決定也可通過風險分析來定義，潔凈窗采用單層還是雙層需根據具體要求采用。雖然廢水處理系統是無影響系統，但也會造成生產廢水無法及時排放而影響生產業務。
潔凈室懸浮微生物法應采用離心式、狹逢式和針孔式等碰擊式采樣器，采樣時間應根據空氣中微生物濃度來決定，采樣點數可與測定空氣潔凈度測點數相同。各種采樣器應按儀器說明書規定的方法使用。沉降微生物法，應采用直徑９０mm培養皿，在采樣點上沉降３０mm后進行采樣，培養皿最少采樣數應符合表Ｂ.５.２的規定。
風量罩罩體與風口尺寸相差較大時會造成較大的測量誤差，所以需要用尺寸相近的罩體進行測量。根據待測風口的尺寸、面積，選擇與風口的面積較接近的風量罩罩體，且罩體的長邊長度不得超過風口的長邊長度的3倍；風口的面積不應小于罩體邊界面積的15%，選擇合適的罩體后，打開測量儀表，檢查儀表正常，使儀表的各項設定滿足使用要求；確定罩體的擺放位置來罩住風口，風口宜位于罩體的中間位置；保證無漏風，觀察儀表的顯示值，待顯示值趨于穩定后，讀取風量值，當風口風量較大時，風量罩罩體和測量部分的節流對風口的阻力會增加造成風量下降較多，為了消除這部分的風口風量較少，需要進行背壓補償。依據讀取的風量值，考慮是否需要進行背壓補償，當風量值≤1500m3/h時，無需進行背壓補償，所讀風量值即為所測風口的風量值；當風量值>1500 m3/h時，使用背壓補償擋板進行背壓補償，讀取儀表顯示值即為所測的風口補償后風量值。