制藥廠潔凈室工程設計注重節能、環保和消防措施。環境工程貫徹于主體工程同時設計、同時施工、同時投產的“三同時”原則。而項目設計不僅要滿足項目實施的需要，還要同時為企業的未來發展留有余地。
具體而言，潔凈空調系統通常按不同的功能區設計，基本各功能區獨立空調，是工程部運行維護的重點，也通過充分的驗證及BMS/EMS監控來保障。
純化水系統中是否一定要配置EDI也可根據生產需求。此外，壓縮空氣分配系統0.22μm的過濾器的安裝位置，分析結果可為動力房等非潔凈區用點，該類用點無需經過過濾。
在風速均勻上裝有風壓傳感器，傳感器將風速的變化反應出，再根據基底的尺寸將風量計算出來。風量罩的顯示采用PDA，大屏幕液晶屏顯示直觀，直接可以得到風速風溫和風量的數據，可以設置記錄時間間隔進行連續的參數記錄，以便對數據進行分析。測量和記錄的數據被記錄在存儲卡上,不會丟失,可以通過計算機的串口將數據傳遞到PC機上以及做進一步的應用。
無塵車間風量調試
這個調試主要是根據設計施工圖紙來計算的，可以計算出無塵車間建設時的設計風量。對新建無塵車間潔凈度進行測試時，主要分為以下三種狀態：空態條件、靜態條件、動態條件。建設完無塵車間成以后，企業可以從這三個條件下分別對無塵車間的潔凈度進行測試，重點關注每種狀態下的潔凈度是否達到企業所要求的標準。
我們所推薦的無塵車間測試項目包括過濾器風速有其均勻性、過濾器安裝檢漏、壓差、氣流平行度、潔凈度、噪聲、光照度、濕／溫度等等。這些是基本的測試項目，它包括了主要的和輔助的測試項目。這些項目應于無塵車間最初設計的標準和參數相一致，測試認證應在無塵車間移交業主前完成。
所有無塵車間測試項目中有4個主要項目（過濾器風速及其均勻性、過濾器安裝檢漏、壓差和潔凈度）是最重要和最基本的。在設備進入無塵車間前必須完成。其它的一些輔助測試項目如氣流平行度（只適用于單向流無塵車間）、溫、濕度、光照度、噪聲也需要完成，因為它們與無塵車間中空氣的運動和環境參數有關。我們認為至少在動態條件下需要做以上這些輔助測試。