制藥廠潔凈室工程設計注重節能、環保和消防措施。環境工程貫徹于主體工程同時設計、同時施工、同時投產的“三同時”原則。而項目設計不僅要滿足項目實施的需要，還要同時為企業的未來發展留有余地。
具體而言，潔凈空調系統通常按不同的功能區設計，基本各功能區獨立空調，是工程部運行維護的重點，也通過充分的驗證及BMS/EMS監控來保障。
純化水系統中是否一定要配置EDI也可根據生產需求。此外，壓縮空氣分配系統0.22μm的過濾器的安裝位置，分析結果可為動力房等非潔凈區用點，該類用點無需經過過濾。
潔凈室懸浮微生物法應采用離心式、狹逢式和針孔式等碰擊式采樣器，采樣時間應根據空氣中微生物濃度來決定，采樣點數可與測定空氣潔凈度測點數相同。各種采樣器應按儀器說明書規定的方法使用。沉降微生物法，應采用直徑９０mm培養皿，在采樣點上沉降３０mm后進行采樣，培養皿最少采樣數應符合表Ｂ.５.２的規定。
在風速均勻上裝有風壓傳感器，傳感器將風速的變化反應出，再根據基底的尺寸將風量計算出來。風量罩的顯示采用PDA，大屏幕液晶屏顯示直觀，直接可以得到風速風溫和風量的數據，可以設置記錄時間間隔進行連續的參數記錄，以便對數據進行分析。測量和記錄的數據被記錄在存儲卡上,不會丟失,可以通過計算機的串口將數據傳遞到PC機上以及做進一步的應用。
在無塵車間的建造合同中通常只指定了最基本的空態測試，而靜態和動態測試常常因為緊張的工期而被遺漏。但我們仍建議承建商和業主在靜態和動態條件下都對無塵車間進行測試。這將確保無塵車間的建造符合設計要求。靜態和動態兩種不同條件下測試結果的對比將對分析無塵車間所存在的問題提供很有效的幫助。例如：在靜態條件下潔凈度達標而到了動態條件下卻超標。這可能是因為糟糕的無塵車間管理：安裝機器時不規范的清潔，不恰當的清潔程序，不嚴格的紀律管理，不正確的機器放置位置（擋住了回風口或阻斷了過濾器的送風）等。因此，我們建議在空態和動態時都要對無塵車間進行測試。