微生物檢測方法有空氣懸浮微生物法和沉降微生物法兩種，采樣后的基片（或平皿）經過恒溫箱內３７℃、４８h的培養生成菌落后進行計數。使用的采樣器皿和培養液必須進行處理。采樣點可均勻布置或取代代表性地域布置。
潔凈室懸浮微生物法應采用離心式、狹逢式和針孔式等碰擊式采樣器，采樣時間應根據空氣中微生物濃度來決定，采樣點數可與測定空氣潔凈度測點數相同。各種采樣器應按儀器說明書規定的方法使用。沉降微生物法，應采用直徑９０mm培養皿，在采樣點上沉降３０mm后進行采樣，培養皿最少采樣數應符合表Ｂ.５.２的規定。
集中空調系統中風口處的氣流比較復雜，測量工作難度較大。只有不能在分支管處測量，才在風口處測量，一般采用風口風量罩和風口風速法。
相對于風口風速法，風量罩能迅速準確地測量風口平均通風量，無論是安裝在天花板、墻壁或者地面上的送、回、排風口，配備相應的傳感器都可以直接讀出風速、壓力和相對溫濕度，尤其適用于對于散流器式風口。使用時將罩口緊貼天花面，使風口整體完全包容，就可以直接讀取。
所有的無塵車間測試基本上都是基于國際認可的標準（如ISO14644－1；IEST－RP－CC006．2；NEBB手冊和已被終止的FS－209E）。這些標準和慣例對無塵車間的測試和認證提供了最基本的指導。而事實上，無塵車間的業主和承建商因產品，工藝的要求而對無塵車間的技術指標，測試方式和驗收標準有相對于上述標準不同的協議。