三格式化糞池廁所結構主要由便池蹲位（或坐便器）、過糞管和貯糞池組成。
1、貯糞池
貯糞池由二根過糞管連通的三個格室的密封池組成。根據其主要功能依次可命名為截留沉淀與發酵池、再次發酵池和貯糞池。三池之間由過糞管連接。有斜插管及倒U形、倒L形管等，但以斜插管為。過糞管采用內徑為100～150mmPVC塑料管為宜，也可以用水泥預制、陶管等其它材料、要求內壁光滑。為防止堵塞，考慮糞池的大小與流量，可適當增加過糞管的數量。
2、便器、蓋板、清渣口、出糞口
便器一般可采用節水型便器。可以是坐便器也可以是蹲便器。格化糞池蓋頂留有進糞口和清渣口，進糞口上安裝便器，進糞管可采用內徑為150mm的PVC塑料或其它管材，要盡量遠離過糞口，并緊貼池壁，以減少水沖力對池內的擾動。在安裝便器時可不用水泥固定死，進糞口也可作為清渣口。用防濺式直通便器和水封便器則不必下接進糞管第二池頂應密封，但也要留有清渣口，第三池蓋頂留有出糞口，出糞口用蓋密封。
3、其它配套物品
潔凈衛生紙存放箱，便紙簍、掃帚及刷子，盛水器皿、照明設施、通風設備等。