企業價值評估是為企業的交易（全部股權的交易、部分股權的交易等）提供價值參考，因此其價值類型在一般情況下應該是市場價值（交換價值）。而不應該是其他價值（非市場價值）。當然企業價值評估還有其他目的，有可能需要評估其他價值，如清算價值、控股權溢價等。
企業價值評估中的價值類型也劃分市場價值和非市場價值兩類。
企業價值評估中的市場價值是指企業在評估基準日公開市場上正常使用狀態下最有可能實現的交換價值的估計數額。評估企業的市場價值所使用的信息數據都應來源于市場。
企業價值評估中的非市場價值是一系列不符合市場價值定義的價值類型的總稱或集合，主要有投資價值、持續經營價值、保險價值、清算價值等。
投資價值是指企業對于具有明確投資目標的特定投資者或某一類投資者所具有的價值。如企業并購中的被評估企業對于特定收購方的收購價值；關聯交易中的企業交易價值；企業改制中的管理層收購價值等。企業的投資價值可能等于企業的市場價值，也可能高于或低于企業的市場價值。
保險價值是指根據企業的保險合同或協議中規定的價值定義確定的價值。
持續經營價值是指被評估企業按照評估基準日時的用途、經營方式、管理模式等繼續經營下去所能實現的預期收益（現金流量）的折現值。企業的持續經營價值是一個整體的價值概念，是相對于被評估企業自身既定的經營方向、經營方式、管理模式等能產生的現金流量和獲利能力的整體價值。由于企業的各個組成部分對企業的整體價值都有相應的貢獻，企業持續經營價值可以按企業各個組成部分資產的相應貢獻分配給企業的各個組成部分資產，即構成企業各個部分資產的在用價值。企業的持續經營價值可能等于企業的市場價值，也低于企業的市場價值。
清算價值是指企業處于清算、迫售、快速變現等非正常市場條件下所具有的價值。從數量上看，企業的清算價值是指企業停止經營，變賣所有的資產減去所有負債后的現金余額。這時企業價值應是其構成要素資產的可變現價值。
企業價值評估到底是評估一個企業在持續經營條件下的價值，還是非持續經營條件下（清算條件下）的價值，取決于資產交易的性質。評估對象在持續經營前提下的價值并不必然大于在清算前提下的價值（如果相關權益人有權啟動被估企業清算程序的話）。即企業在持續經營條件下的價值可能小于清算條件下的價值，這種情況下，如果相關權益人有權啟動被估企業清算程序的話，應該評估企業的清算價值。