電子銀行承兌匯票影響首先體現在以其低成本承兌的優勢會對短期貸款產生擠出效應，即電子銀行承兌匯票的簽發會相應減少對短期貸款的需求，同時，電子銀行承兌匯票作為票據貨幣，生成的主動權在于企業和商業銀行，在其電子系統構建的信用環境下，具有很強的支付轉讓功能和流通性，據了解，相關部門預測每張電子銀行承兌的平均轉讓次數將達30次，但是，未貼現的商業匯票游離于廣義貨幣范疇之外，巨額的電子銀行承兌匯票形成的虛擬貨幣將會對央行貨幣政策的傳導機制產生一定的影響。
電子商業匯票系統對所有電子商業匯票集中登記托管，能夠實現對商業匯票支付、融資行為的、及時、準確統計，了解資金的投向；通過對票據實際融資利率以及票據市場報價的統計監測，及時了解票據市場利率趨勢，為利率市場化改革、為宏觀經濟決策提供基礎數據和參考數據。
商業票據市場是貨幣市場的重要組成部分，央行在電子商業匯票系統中作為一個參與者，將增加以商業匯票再貼現與賣出的公開市場業務操作，由于商業匯票也是聯結實體經濟的一項重要金融工具，此舉將能使央行的貨幣政策操作更快地傳導到實體經濟中去。
電子商業匯票系統的轉貼現與再貼現業務處理平臺，在現有央行、商業銀行、財務公司為交易主體的基礎上，今后若再引入保險、信托、基金、證券、金融資產管理公司等合格投資者，在品種上增加短期融資券等期限一年內的商業票據，此時電子商業匯票系統有望成為全國性的商業票據市場。