無菌室外要設一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后，只有保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究。
不論外在之空氣條件如何變化，其室內均能俱有維持原先所設定要求之潔凈度、溫濕度及壓力等性能之特性。無塵車間最主要之作用在于控制產品(如硅芯片等)所接觸之大氣的潔凈度日及溫濕度，使產品能在一個良好之環境空間中生產、制造，此空間我們稱之為無塵車間。
無菌車間又叫無菌室，它的要求更高，除了按潔凈室要求處理空氣中微粒外，還需要對室內空氣進行處理，即同時要去除生物污染源，對室檢查還需要對室內空氣采樣培養，以杜絕感染源。醫院手術室、血液透析室、藥品及三類一次性醫療用品生產都要求使用無菌室；但是檢測時需要檢測浮游菌、沉降菌等菌落數。
食品無塵無菌包裝是指將經過后已獲得商業無塵無菌狀態的產品，封閉在已的容器中，在無塵無菌環境下灌注，灌裝后包裝容器保持密封以防止再度感染，以期在不加防腐劑、不經冷藏條件下得到較長的貨架壽命的包裝方法。
